data_PB ############################# # Protein Blocks Annotation # ############################# ####################################################################################### # PB encoding by Protein Blocks Expert 2.0 server (http://www.bo-protscience.fr/pbe/) # # Reference: Biophys Rev. 2010 Aug;2(3):137-147. Epub 2010 Aug 5. # # : Nucleic Acids Res. 2006 Jul 1;34(Web Server issue):W119-23. # ####################################################################################### save_PB_annotation_1 _PB_list.Sf_category PB_list _PB_list.ID 1 _PB_list.Query_ID db1b88_5736#A _PB_list.Queried_date 2015-01-13 _PB_list.Input_file_name pdb1b88.ent _PB_list.Output_file_name bmr6406_1b88_PB.str _PB_list.Electronic_address http://bmrbpub.protein.osaka-u.ac.jp/archive/pb/bmr6406_1b88_PB.str _PB_list.AA_seq_one_letter_code MQQVRQSPQSLTVWEGETAILNCSYENSAFDYFPWYQQFPGEGPALLISILSVSNKKEDGRFTIFFNKREKKLSLHIADSQPGDSATYFCAASASFGDNSKLIWGLGTSLVVNP _PB_list.PB_seq_code zzbacddfbdcddehiacddddddfblklmbdcdddddfklccddfbdcdfkbgcdcfbhpacdddfknopacdddehiafklgccddddddfbehiacdddddebjaddddzz _PB_list.PDB_ID 1B88 _PB_list.PDBX_exptl_method "X-RAY DIFFRACTION" _PB_list.PDBX_refine_ls_R_factor_R_free 0.324 _PB_list.PDBX_refine_ls_R_factor_R_work 0.224 _PB_list.PDBX_refine_ls_d_res_high 2.5 _PB_list.PDBX_refine_ls_d_res_low 10.0 _PB_list.Entry_ID 6406 loop_ _PB_char.Entity_assembly_ID _PB_char.Assembly_ID _PB_char.Entity_ID _PB_char.Comp_index_ID _PB_char.Comp_ID _PB_char.PDB_model_num _PB_char.PDB_strand_ID _PB_char.PDB_ins_code _PB_char.PDB_residue_no _PB_char.PDB_residue_name _PB_char.PB_code _PB_char.Align _PB_char.Entry_ID _PB_char.PB_list_ID 1 1 1 1 MET . A . 1 MET . 1 6406 1 1 1 1 2 GLN . A . 2 GLN . 1 6406 1 1 1 1 3 GLN . A . 3 GLN b 1 6406 1 1 1 1 4 VAL . A . 4 VAL a 1 6406 1 1 1 1 5 ARG . A . 5 ARG c 1 6406 1 1 1 1 6 GLN . A . 6 GLN d 1 6406 1 1 1 1 7 SER . A . 7 SER d 1 6406 1 1 1 1 8 PRO . A . 8 PRO f 1 6406 1 1 1 1 9 GLN . A . 9 GLN b 1 6406 1 1 1 1 10 SER . A . 10 SER d 1 6406 1 1 1 1 11 LEU . A . 11 LEU c 1 6406 1 1 1 1 12 THR . A . 12 THR d 1 6406 1 1 1 1 13 VAL . A . 13 VAL d 1 6406 1 1 1 1 14 TRP . A . 14 TRP e 1 6406 1 1 1 1 15 GLU . A . 15 GLU h 1 6406 1 1 1 1 16 GLY . A . 16 GLY i 1 6406 1 1 1 1 17 GLU . A . 17 GLU a 1 6406 1 1 1 1 18 THR . A . 18 THR c 1 6406 1 1 1 1 19 ALA . A . 19 ALA d 1 6406 1 1 1 1 20 ILE . A . 20 ILE d 1 6406 1 1 1 1 21 LEU . A . 21 LEU d 1 6406 1 1 1 1 22 ASN . A . 22 ASN d 1 6406 1 1 1 1 23 CYS . A . 23 CYS d 1 6406 1 1 1 1 24 SER . A . 24 SER d 1 6406 1 1 1 1 25 TYR . A . 25 TYR f 1 6406 1 1 1 1 26 GLU . A . 26 GLU b 1 6406 1 1 1 1 27 ASN . A . 27 ASN l 1 6406 1 1 1 1 28 SER . A . 28 SER k 1 6406 1 1 1 1 29 ALA . A . 29 ALA l 1 6406 1 1 1 1 30 PHE . A . 30 PHE m 1 6406 1 1 1 1 31 ASP . A . 31 ASP b 1 6406 1 1 1 1 32 TYR . A . 32 TYR d 1 6406 1 1 1 1 33 PHE . A . 33 PHE c 1 6406 1 1 1 1 34 PRO . A . 34 PRO d 1 6406 1 1 1 1 35 TRP . A . 35 TRP d 1 6406 1 1 1 1 36 TYR . A . 36 TYR d 1 6406 1 1 1 1 37 GLN . A . 37 GLN d 1 6406 1 1 1 1 38 GLN . A . 38 GLN d 1 6406 1 1 1 1 39 PHE . A . 39 PHE f 1 6406 1 1 1 1 40 PRO . A . 40 PRO k 1 6406 1 1 1 1 41 GLY . A . 41 GLY l 1 6406 1 1 1 1 42 GLU . A . 42 GLU c 1 6406 1 1 1 1 43 GLY . A . 43 GLY c 1 6406 1 1 1 1 44 PRO . A . 44 PRO d 1 6406 1 1 1 1 45 ALA . A . 45 ALA d 1 6406 1 1 1 1 46 LEU . A . 46 LEU f 1 6406 1 1 1 1 47 LEU . A . 47 LEU b 1 6406 1 1 1 1 48 ILE . A . 48 ILE d 1 6406 1 1 1 1 49 SER . A . 49 SER c 1 6406 1 1 1 1 50 ILE . A . 50 ILE d 1 6406 1 1 1 1 51 LEU . A . 51 LEU f 1 6406 1 1 1 1 52 SER . A . 52 SER k 1 6406 1 1 1 1 53 VAL . A . 53 VAL b 1 6406 1 1 1 1 54 SER . A . 54 SER g 1 6406 1 1 1 1 55 ASN . A . 55 ASN c 1 6406 1 1 1 1 56 LYS . A . 56 LYS d 1 6406 1 1 1 1 57 LYS . A . 57 LYS c 1 6406 1 1 1 1 58 GLU . A . 58 GLU f 1 6406 1 1 1 1 59 ASP . A . 59 ASP b 1 6406 1 1 1 1 60 GLY . A . 60 GLY h 1 6406 1 1 1 1 61 ARG . A . 61 ARG p 1 6406 1 1 1 1 62 PHE . A . 62 PHE a 1 6406 1 1 1 1 63 THR . A . 63 THR c 1 6406 1 1 1 1 64 ILE . A . 64 ILE d 1 6406 1 1 1 1 65 PHE . A . 65 PHE d 1 6406 1 1 1 1 66 PHE . A . 66 PHE d 1 6406 1 1 1 1 67 ASN . A . 67 ASN f 1 6406 1 1 1 1 68 LYS . A . 68 LYS k 1 6406 1 1 1 1 69 ARG . A . 69 ARG n 1 6406 1 1 1 1 70 GLU . A . 70 GLU o 1 6406 1 1 1 1 71 LYS . A . 71 LYS p 1 6406 1 1 1 1 72 LYS . A . 72 LYS a 1 6406 1 1 1 1 73 LEU . A . 73 LEU c 1 6406 1 1 1 1 74 SER . A . 74 SER d 1 6406 1 1 1 1 75 LEU . A . 75 LEU d 1 6406 1 1 1 1 76 HIS . A . 76 HIS d 1 6406 1 1 1 1 77 ILE . A . 77 ILE e 1 6406 1 1 1 1 78 ALA . A . 78 ALA h 1 6406 1 1 1 1 79 ASP . A . 79 ASP i 1 6406 1 1 1 1 80 SER . A . 80 SER a 1 6406 1 1 1 1 81 GLN . A . 81 GLN f 1 6406 1 1 1 1 82 PRO . A . 82 PRO k 1 6406 1 1 1 1 83 GLY . A . 83 GLY l 1 6406 1 1 1 1 84 ASP . A . 84 ASP g 1 6406 1 1 1 1 85 SER . A . 85 SER c 1 6406 1 1 1 1 86 ALA . A . 86 ALA c 1 6406 1 1 1 1 87 THR . A . 87 THR d 1 6406 1 1 1 1 88 TYR . A . 88 TYR d 1 6406 1 1 1 1 89 PHE . A . 89 PHE d 1 6406 1 1 1 1 90 CYS . A . 90 CYS d 1 6406 1 1 1 1 91 ALA . A . 91 ALA d 1 6406 1 1 1 1 92 ALA . A . 92 ALA d 1 6406 1 1 1 1 93 SER . A . 93 SER f 1 6406 1 1 1 1 94 ALA . A . 94 ALA b 1 6406 1 1 1 1 95 SER . A . 95 SER e 1 6406 1 1 1 1 96 PHE . A . 96 PHE h 1 6406 1 1 1 1 97 GLY . A . 97 GLY i 1 6406 1 1 1 1 98 ASP . A . 98 ASP a 1 6406 1 1 1 1 99 ASN . A . 99 ASN c 1 6406 1 1 1 1 100 SER . A . 100 SER d 1 6406 1 1 1 1 101 LYS . A . 101 LYS d 1 6406 1 1 1 1 102 LEU . A . 102 LEU d 1 6406 1 1 1 1 103 ILE . A . 103 ILE d 1 6406 1 1 1 1 104 TRP . A . 104 TRP d 1 6406 1 1 1 1 105 GLY . A . 105 GLY e 1 6406 1 1 1 1 106 LEU . A . 106 LEU b 1 6406 1 1 1 1 107 GLY . A . 107 GLY j 1 6406 1 1 1 1 108 THR . A . 108 THR a 1 6406 1 1 1 1 109 SER . A . 109 SER d 1 6406 1 1 1 1 110 LEU . A . 110 LEU d 1 6406 1 1 1 1 111 VAL . A . 111 VAL d 1 6406 1 1 1 1 112 VAL . A . 112 VAL d 1 6406 1 1 1 1 113 ASN . A . 113 ASN . 1 6406 1 1 1 1 114 PRO . A . 114 PRO . 1 6406 1 stop_ save_ save_PB_annotation_2 _PB_list.Sf_category PB_list _PB_list.ID 2 _PB_list.Query_ID db1b88_5736#B _PB_list.Queried_date 2015-01-13 _PB_list.Input_file_name pdb1b88.ent _PB_list.Output_file_name bmr6406_1b88_PB.str _PB_list.Electronic_address http://bmrbpub.protein.osaka-u.ac.jp/archive/pb/bmr6406_1b88_PB.str _PB_list.AA_seq_one_letter_code MQQVRQSPQSLTVWEGETAILNCSYENSAFDYFPWYQQFPGEGPALLISILSVSNKKEDGRFTIFFNKREKKLSLHIADSQPGDSATYFCAASASFGDNSKLIWGLGTSLVVNP _PB_list.PB_seq_code zzbdcddfbdcddehiacddddddfblmlmbdcdddddehiacddfbdcdfklmbdcdehiacdddfklopacdddehiafklpccddddddfbehiacdddddebjaddddzz _PB_list.PDB_ID 1B88 _PB_list.PDBX_exptl_method "X-RAY DIFFRACTION" _PB_list.PDBX_refine_ls_R_factor_R_free 0.324 _PB_list.PDBX_refine_ls_R_factor_R_work 0.224 _PB_list.PDBX_refine_ls_d_res_high 2.5 _PB_list.PDBX_refine_ls_d_res_low 10.0 _PB_list.Entry_ID 6406 loop_ _PB_char.Entity_assembly_ID _PB_char.Assembly_ID _PB_char.Entity_ID _PB_char.Comp_index_ID _PB_char.Comp_ID _PB_char.PDB_model_num _PB_char.PDB_strand_ID _PB_char.PDB_ins_code _PB_char.PDB_residue_no _PB_char.PDB_residue_name _PB_char.PB_code _PB_char.Align _PB_char.Entry_ID _PB_char.PB_list_ID 1 1 1 1 MET . B . 1 MET . 1 6406 2 1 1 1 2 GLN . B . 2 GLN . 1 6406 2 1 1 1 3 GLN . B . 3 GLN b 1 6406 2 1 1 1 4 VAL . B . 4 VAL d 1 6406 2 1 1 1 5 ARG . B . 5 ARG c 1 6406 2 1 1 1 6 GLN . B . 6 GLN d 1 6406 2 1 1 1 7 SER . B . 7 SER d 1 6406 2 1 1 1 8 PRO . B . 8 PRO f 1 6406 2 1 1 1 9 GLN . B . 9 GLN b 1 6406 2 1 1 1 10 SER . B . 10 SER d 1 6406 2 1 1 1 11 LEU . B . 11 LEU c 1 6406 2 1 1 1 12 THR . B . 12 THR d 1 6406 2 1 1 1 13 VAL . B . 13 VAL d 1 6406 2 1 1 1 14 TRP . B . 14 TRP e 1 6406 2 1 1 1 15 GLU . B . 15 GLU h 1 6406 2 1 1 1 16 GLY . B . 16 GLY i 1 6406 2 1 1 1 17 GLU . B . 17 GLU a 1 6406 2 1 1 1 18 THR . B . 18 THR c 1 6406 2 1 1 1 19 ALA . B . 19 ALA d 1 6406 2 1 1 1 20 ILE . B . 20 ILE d 1 6406 2 1 1 1 21 LEU . B . 21 LEU d 1 6406 2 1 1 1 22 ASN . B . 22 ASN d 1 6406 2 1 1 1 23 CYS . B . 23 CYS d 1 6406 2 1 1 1 24 SER . B . 24 SER d 1 6406 2 1 1 1 25 TYR . B . 25 TYR f 1 6406 2 1 1 1 26 GLU . B . 26 GLU b 1 6406 2 1 1 1 27 ASN . B . 27 ASN l 1 6406 2 1 1 1 28 SER . B . 28 SER m 1 6406 2 1 1 1 29 ALA . B . 29 ALA l 1 6406 2 1 1 1 30 PHE . B . 30 PHE m 1 6406 2 1 1 1 31 ASP . B . 31 ASP b 1 6406 2 1 1 1 32 TYR . B . 32 TYR d 1 6406 2 1 1 1 33 PHE . B . 33 PHE c 1 6406 2 1 1 1 34 PRO . B . 34 PRO d 1 6406 2 1 1 1 35 TRP . B . 35 TRP d 1 6406 2 1 1 1 36 TYR . B . 36 TYR d 1 6406 2 1 1 1 37 GLN . B . 37 GLN d 1 6406 2 1 1 1 38 GLN . B . 38 GLN d 1 6406 2 1 1 1 39 PHE . B . 39 PHE e 1 6406 2 1 1 1 40 PRO . B . 40 PRO h 1 6406 2 1 1 1 41 GLY . B . 41 GLY i 1 6406 2 1 1 1 42 GLU . B . 42 GLU a 1 6406 2 1 1 1 43 GLY . B . 43 GLY c 1 6406 2 1 1 1 44 PRO . B . 44 PRO d 1 6406 2 1 1 1 45 ALA . B . 45 ALA d 1 6406 2 1 1 1 46 LEU . B . 46 LEU f 1 6406 2 1 1 1 47 LEU . B . 47 LEU b 1 6406 2 1 1 1 48 ILE . B . 48 ILE d 1 6406 2 1 1 1 49 SER . B . 49 SER c 1 6406 2 1 1 1 50 ILE . B . 50 ILE d 1 6406 2 1 1 1 51 LEU . B . 51 LEU f 1 6406 2 1 1 1 52 SER . B . 52 SER k 1 6406 2 1 1 1 53 VAL . B . 53 VAL l 1 6406 2 1 1 1 54 SER . B . 54 SER m 1 6406 2 1 1 1 55 ASN . B . 55 ASN b 1 6406 2 1 1 1 56 LYS . B . 56 LYS d 1 6406 2 1 1 1 57 LYS . B . 57 LYS c 1 6406 2 1 1 1 58 GLU . B . 58 GLU d 1 6406 2 1 1 1 59 ASP . B . 59 ASP e 1 6406 2 1 1 1 60 GLY . B . 60 GLY h 1 6406 2 1 1 1 61 ARG . B . 61 ARG i 1 6406 2 1 1 1 62 PHE . B . 62 PHE a 1 6406 2 1 1 1 63 THR . B . 63 THR c 1 6406 2 1 1 1 64 ILE . B . 64 ILE d 1 6406 2 1 1 1 65 PHE . B . 65 PHE d 1 6406 2 1 1 1 66 PHE . B . 66 PHE d 1 6406 2 1 1 1 67 ASN . B . 67 ASN f 1 6406 2 1 1 1 68 LYS . B . 68 LYS k 1 6406 2 1 1 1 69 ARG . B . 69 ARG l 1 6406 2 1 1 1 70 GLU . B . 70 GLU o 1 6406 2 1 1 1 71 LYS . B . 71 LYS p 1 6406 2 1 1 1 72 LYS . B . 72 LYS a 1 6406 2 1 1 1 73 LEU . B . 73 LEU c 1 6406 2 1 1 1 74 SER . B . 74 SER d 1 6406 2 1 1 1 75 LEU . B . 75 LEU d 1 6406 2 1 1 1 76 HIS . B . 76 HIS d 1 6406 2 1 1 1 77 ILE . B . 77 ILE e 1 6406 2 1 1 1 78 ALA . B . 78 ALA h 1 6406 2 1 1 1 79 ASP . B . 79 ASP i 1 6406 2 1 1 1 80 SER . B . 80 SER a 1 6406 2 1 1 1 81 GLN . B . 81 GLN f 1 6406 2 1 1 1 82 PRO . B . 82 PRO k 1 6406 2 1 1 1 83 GLY . B . 83 GLY l 1 6406 2 1 1 1 84 ASP . B . 84 ASP p 1 6406 2 1 1 1 85 SER . B . 85 SER c 1 6406 2 1 1 1 86 ALA . B . 86 ALA c 1 6406 2 1 1 1 87 THR . B . 87 THR d 1 6406 2 1 1 1 88 TYR . B . 88 TYR d 1 6406 2 1 1 1 89 PHE . B . 89 PHE d 1 6406 2 1 1 1 90 CYS . B . 90 CYS d 1 6406 2 1 1 1 91 ALA . B . 91 ALA d 1 6406 2 1 1 1 92 ALA . B . 92 ALA d 1 6406 2 1 1 1 93 SER . B . 93 SER f 1 6406 2 1 1 1 94 ALA . B . 94 ALA b 1 6406 2 1 1 1 95 SER . B . 95 SER e 1 6406 2 1 1 1 96 PHE . B . 96 PHE h 1 6406 2 1 1 1 97 GLY . B . 97 GLY i 1 6406 2 1 1 1 98 ASP . B . 98 ASP a 1 6406 2 1 1 1 99 ASN . B . 99 ASN c 1 6406 2 1 1 1 100 SER . B . 100 SER d 1 6406 2 1 1 1 101 LYS . B . 101 LYS d 1 6406 2 1 1 1 102 LEU . B . 102 LEU d 1 6406 2 1 1 1 103 ILE . B . 103 ILE d 1 6406 2 1 1 1 104 TRP . B . 104 TRP d 1 6406 2 1 1 1 105 GLY . B . 105 GLY e 1 6406 2 1 1 1 106 LEU . B . 106 LEU b 1 6406 2 1 1 1 107 GLY . B . 107 GLY j 1 6406 2 1 1 1 108 THR . B . 108 THR a 1 6406 2 1 1 1 109 SER . B . 109 SER d 1 6406 2 1 1 1 110 LEU . B . 110 LEU d 1 6406 2 1 1 1 111 VAL . B . 111 VAL d 1 6406 2 1 1 1 112 VAL . B . 112 VAL d 1 6406 2 1 1 1 113 ASN . B . 113 ASN . 1 6406 2 1 1 1 114 PRO . B . 114 PRO . 1 6406 2 stop_ save_